رویکرد به خراسان و ماورای نهر و براندازی افشاریان
بعد ار آن به خراسان لشکر کشید و شاهرخ ، پسر نادر را که کور و پیر بود به همراه همه درباریانش به قتل رسانید تا انتقام کشتن فتحعلی‌خان را بگیرد. خان قاجار برای افشای محل جواهراتی که نادر از هند آورده بود شاهرخ را به حدی شکنجه کرد که وی در زیر این شکنجه‌ها جان سپرد. آقامحمدخان پس از کشف محل جواهرات نادر، آنان را روی سفره گسترد و از شدت عشق به طلا و جواهر، بر آنان غلتید. و سپس لشکرکشی به بخارا را قصد نمود که خبردار شد از جانب روس‌ها دیگر خطری نیست. برای همین حاکمان طرفدار روس آن دیار را سرکوب کرد و مرو را آزاد کرد و ازبکان را وادار به عقب نشینی نمود و بخارا را تحت الحمایه دولت ایران قرار داد و چون مردم آن دیار با وی مخالفتی نداشتند به آنان آزاری نرساند و پس از آن به دستور وی گروهی را به منظور تعقیب نادرقلی شاهرخ اقشار به هرات فرستاد و پس از آن تا کابل پیش رفتند ولی نادرقلی در کوه‌های هیمالیا در افغانستان مکان خود را تغییر می‌داد سرانجام از تعقیب وی دست برداشتند و بلخ را از حاکم کابل به بهای ۵۰۰ هزار سکه طلا خریداری نمودند؛ این کار آقا محمد خان چندین هدف را دنبال می‌کرد که مهم‌ترین و دراز مدت‌ترین آنها جلب حمایت حاکم کابل برای حمله به هندوستان بود و افغانستان را نیز تحت حمایت دولت ایران قرار داد و به ساری برگشت و در عمارت زمستانی خود واقع در پشت مسجد شاه غازی (که اکنون اثری از آن باقی نیست)، گنجینه‌های باقی‌مانده از دوران افشاریه - که نادر با خود از هند آورده بود و باعث ثروتمندی بسیاری از فرماندهان و نوادگان او شد - را پنهان کرد.
انتقال مرکز حکومت به تهران
او پس از قتح کامل جنوب ایران در واقع مقر حکم رانی خویش را در تهران نهاد در حالیکه پایتخت وی هنوز ساری بود؛ او برای آبادانی تهران بسیار کوشید و مهاجرین بسیاری را در آن شهر اسکان نهاد و به امر وی کلیمیان مقیم تهران اجازه ساخت کنشه و ارامنه نیز توانستند با آسودگی خاطر نسبت به تجدید بنای کلیساهای خود اقدام نمایند همچنین موبدکده و آتشکده برای زرتشتیان . پایگاه نظامی قوی در سواحل رود کن احداث نمود و دروازه‌های تهران خصوصا دروازه دولاب را مرمت کرد
سپس با سپاهی گسترده عازم قفقاز گشت تا حاکمان آنجا را مطیع خویش سازد در آنجا با مقاومت سرسختانه ابراهیم خلیل خان جوانشیر حاکم شوشی مواجه شد و سرانجام دست از محاصره این شهر برداشت و به تفلیس رفت. هراکلیوس حاکم تفلیس شهر را رها کرده و گریخت آغامحمدخان دستور ویران کردن قسمتی از شهر و قتل عام مردم داد و باردیگر سربازان وی در این شهر بدستور او به تجاوز به ناموس مردم دست زدند. تمام کلیساهای شهر ویران شد و روحانیون مسیحی دست بسته به رود ارس انداخته شدند. در نهایت آغا محمد خان با پانزده هزار تن از دختران و حتی پسران شهر که آنان را به اسارت گرفته بود به تهران بازگشت. اینان برای سواستفاده جنسی و نیز برای بردگی به ثروتمندان فروخته شدند