ایستادگی خجند
آن قسمت از لشکر مغول که برای گرفتن خجند (در طرف مغرب رود سیحون در کشور
تاجیکستان کنونی) اعزام شده بود، اگر چه مدت زیادی این شهر را در محاصره داشت
موفق به اشغال آن نشد. از این رو پس از تصرف بخارا و سمرقند یک واحد بزرگ از
سربازان مغول به یاری محاصره کنندگان خجند شآمدند و بدین ترتیب دههاهزار نفر قوای
چنگیزی در اطراف شهر تجمع کردند. رهبر مدافعان شهر مردی به نام تیمور ملک بود. در
جنگی که جهت دفاع از شهر درگرفت تقریباً تمامی سربازان تیمور ملک هلاک شدند. ولی
تیمور موفق شد با عدهٔ کمی از هلاکت رهایی یابد و خود را به خوارزم و در جایی که بقیهٔ
قشون قلع و قمع گردیدهٔ خوارزمشاه در آن جمع آمده بودند، برساند. تیمور ملک تمام مردان
جنگی را در خوارزم متحد نموده و چندین بار علیه مهاجمان مغول به عملیات جنگی دست
زد. وی بر دشمن چند ضربهٔ شدید وارد آورد ولی از آنجا که بین تیمور ملک و دیگر
سرلشکران خوارزمشاه وحدت و تفاهم نبود او نتوانست این کامیابی نظامی خود را توسعه
بخشد
اشغال بخارا و سمرقند و اترار
در سال ۱۲۲۰ میلادی (۶۱۶ ه ق) چنگیز خان با قوای اصلی اردوی خود به بخارا حمله
کرد و با مقاومت شدید مدافعین شهر مواجه شد. ولی این ایستادگی زیاد به طول نیانجامید
در روز سوم جنگ مدافعین بخارا که ارتباطشان از همه طرف قطع شده بود، به ناچار
دست از مقاومت کشیدند. مهاجمان مغول پس از تصرف بخارا هزاران تن از سکنهٔ بیسلاح
و بیدفاع شهر را کشتند و بقیه را همچون برده و کنیز به اسارت بردند. به دنبال آن راه
سمرقند را پیش گرفتند. چنگیز در بخارا بزرگان شهر را احضار کرد و گفت غرض از
احضار شما جمعآوری آلات نقرهای است که محمد خوارزمشاه آنها را به شما فروخته
(یعنی بعد از قتل تجار در اترار به دست غایرخان) زیرا که این اشیاء متعلق به ماست و
ایشان هرچه از آن اشیاء در تعلق داشتند پیش خان مغول آورده و تحویل دادند.
محمد خوارزمشاه به دفاع از سمرقند اهمیت زیاد داده و در این شهر نیروی بزرگی جمع
آورده بود و استحکامات شهر مجدداً تعمیر شده بود. به قول برخی از مورخان ۱۱۰ هزار
و طبق برخی منابع دیگر ۶۰–۵۰ هزار نفر سرباز در سمرقند جهت دفاع از شهر جمع
شده بودند. به نظر میآید که شهر در این شرایط میتوانست در برابر محاصره چندین سال
نیز مقاومت بکند. در روز سوم محاصره مدافعین شهر از مواضع خود بیرون آمده به دشمن
حمله بردند. در این هجوم ناگهانی گروه بسیاری سربازان شرکت داشتند. آنها تعدادی از
سربازان مغول را نابود کردند، ولی خود در محاصرهٔ دشمن افتادند، و اکثر آنها در میدان
نبرد به هلاکت رسیدند. این حملهٔ نافرجام تأثیر ناگواری بر روحیهٔ مدافعین گذاشت. برخی
از افراد بانفوذ شهر تصمیم به تسلیم گرفتند و قاضی و شیخ الاسلام شهر را به نزد چنگیز
خان فرستادند تا گفتگویی دربارهٔ تسلیم انجام دهند. سرانجام آنها دروازهٔ شهر را به روی
دشمن گشودند و قشون چنگیزی وارد شهر شده و دست به قتل عام و غارت زدند. پس از
حمله شهر سمرقند به خرابهزار تبدیل شد و از سکنه خالی گردید
سربازان مغول به دنبال یک حملهٔ قطعی شهر اترار را گرفتند، لیکن قلعهٔ اترار به مدت یک ماه (طبق برخی اسناد، ۶ ماه) مقاومت نمود. مغول ها پس از گرفتن شهر اترار، تمامی
مدافعان شهر و قلعه را به قتل رساندند